法律分析：1.参保对象不同:职工医疗保险是为用人单位在职职工提供的医疗保障，而农村医疗保险的参保对象主要是当地村民。 2. 不同缴费单位:职工医疗保险是用人单位与社会成员共同缴纳的医疗保险费。农村医疗保险由农村医疗保险协会组织，农民自愿参与，个人、集体和共同筹集资金。 3.支付方式不同:医疗保险需要支付一定年限(一般连续6个月)，才能享受报销待遇。新型农村合作医疗是农民自愿参与的，每年都要办理保险和缴费手续。 4. 报销比例不同:新农合乡镇医院的报销比例最高，对市级以上医院的报销比例相对较小。员工医保在定点医院就医的报销率一般最高，其他医院的报销率会降低。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第二十三条 职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由规定。
第二十五条 国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和补贴相结合。
