分居两年的起诉流程如下：1、原告向人民递交起诉书、副本及相关的证据；2、人民接受原告提交的文件、材料，进行审查；3、经审查起诉符合法律规定、要求，作出受理决定并立案。4、人民决定立案之日起五日内将原告的起诉书副本送达被告，并告知被告作出书面答辩；5、被告自收到人民送达的起诉书副本之日起十五日内作出书面答辩。6、法庭调查；7、法庭辩论；8、法官主持调解；9、调解无效、判决。
一、起诉离婚的程序是什么?
离婚诉讼程序为：原告向人民递交起诉书及相关证据起诉；人民进行审查决定是否立案；立案后人民将原告的起诉书副本送达被告，被告作书面答辩；开庭审理；不服判决的提起上诉。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民提起离婚诉讼。
人民审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
