离职证明中注明“与公司存有劳动争议”不违法。用人单位出具的解除、终止劳动合同的证明，应当写明劳动合同期限、解除或者终止劳动合同的日期、工作岗位、在本单位的工作年限。法律并未就用人单位开具劳动关系解除证明的内容进行禁止性规定。虽然法律未禁止用人单位出具离职证明时不得作出负面的评论，但明确了应当保护劳动者平等就业和自主择业的权利。
劳动者与用人单位发生争议后，可通过以下途径解决：
1、双方自行协商解决。当事人在自愿的基础上进行协商，达成协议；
2、协调解决。不愿自行协商或达不成协议的，双方可自愿申请企业调解委员会调解，对调解达成的协议自觉履行。调解不成的，可申请仲裁。当事人也可直接申请仲裁；
3、仲裁解决。当事人一方或双方都可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁庭一般先行调解，调解不成的，再作裁决。生效的仲裁裁决书具有法律的约束力，当事人必须履行。当事人不履行的，另一方当事人可以申请人民强制执行。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动合同法》第七十七条
【工会监督检查的权利】劳动者合法权益受到侵害的，有权要求有关部门依法处理，或者依法申请仲裁、提起诉讼。
第七十
【劳动者权利救济途径】工会依法维护劳动者的合法权益，对用人单位履行劳动合同、集体合同的情况进行监督。用人单位违反劳动法律、法规和劳动合同、集体合同的，工会有权提出意见或者要求纠正；劳动者申请仲裁、提起诉讼的，工会依法给予支持和帮助。
